Голубой цвет атмосфере Нептуна придает газ метан. Атмосфера Нептуна содержит также аммиак и гелий. Считается, что под плотным газовым покровом планеты находится слой жидкого водорода. «Вояджер-2» обнаружил длинные тонкие облака, кружащиеся над Нептуном, где скорость ветра достигает 2000 км/ч. Кроме того, зонд разглядел на планете и темные пятна. Самое большое, названное Большим Темным Пятном, оказалось обширным штормом, равным площади всей Земли.

Большое Темное Пятно Нептуна. Небольшое облако под ним ученые «Вояджера 2» назвали Скутером, это облако огибает планету каждые 16 часов.